Nudeln brechen und in Salzwasser bissfest garen. Blumenkohl putzen, in Röschen teilen und waschen. In kochendem Salzwasser ca. 5 Min. garen, abgießen und abschrecken, das Wasser auffangen. Butter in einem Topf aufschäumen und das Mehl einrühren. Unter Rühren Milch und Blumenkohlwasser zugeben und ca. 2 – 3 Minuten bei milder Hitze köcheln. Mit Salz, Pfeffer und Muskatnuss würzen. Die Hälfte des Käses, den Senf und Thymian zugeben und glatt rühren. Die Hälfte der Sauce in eine Auflaufform gießen. Nudeln und Blumenkohl darauf verteilen und mit der restlichen Sauce übergießen. Den restl. Käse in Häufchen draufsetzen.
Im vorgeheizten Ofen auf der 2. Einschubleiste von unten 45 Min. bei 180 °C backen (Gas 2 – 3, Umluft 160 °C).